為詩譏謗朝廷,這可真是莫須有的罪名啊。子瞻一向是嫉惡如仇,套一句他自己的話“如蠅在食,吐之乃已“。一直以來也都安然無事,但子瞻關心國家、熱愛百姓,難免在詩中透露出對新法的不滿,這原是無可厚非的,然而就因此予新黨小人可乘之機,幾陷子瞻於死地!
神宗熙宇元豐二年(1079 A.D.),子瞻移至湖州,上表謝恩,一個御史把子瞻表中的「知臣愚不適時,難以追陪新進;察臣老不生事,或能牧養小民」等四句挑出來,說他蔑視朝廷而開始彈劾他。這一段話原是說自己年歲漸長,難以和後輩相爭短長,也不願再生事端,其中並無諷刺之意,但是「新進」、「生事」等語,卻刺痛了靠新法起家的人。他們為羅織罪名,遂將子瞻的作品斷章取義,誣陷升瞻訕謗朝廷,諷刺國政。御史舒亶將「杖藜裹飯去匆匆,過眼青錢轉手空」的內容曲解成,諷刺農人青苗貸款,還有燕子與蝙蝠爭論的寓言。他說寫的那種詩,不但考慮欠周,也是不忠於君。御史中丞李定也陳述有四個理由,子瞻必須因其無禮於朝廷而斬首。一共有四份彈劾子瞻,這案件交予了御史台,原請求一路之上子瞻必須關入監獄過夜,皇帝不許。神宗皇帝從無意殺害子瞻,不過這個案子既然依法控告,他也願予以充分調查一番。此一事件,史稱為「烏臺詩案」,名為烏臺,是因為漢代御史府中,常有烏鴉群聚於府中的柏樹上,所以御史府又被稱為烏臺、烏府。
子瞻在獄中發生了一件有趣的事,結果審問時反倒對他大有益處。身陷囹圄的子瞻和長子蘇邁有一個約定,就是兒子每天去看他為他送飯時,只許送蔬菜和肉食,倘若聽到他難逃一死的消息,才送魚,以讓他有心理準備。有一次蘇邁要離開京城幾天外出告貸,託親戚代為送飯,卻忘了告訴親戚這件事。親戚知道子瞻愛吃魚,因此送了一條魚給他,子瞻看了大為驚恐,心想大概兇多吉少了。他和獄卒商量,給弟弟寫了兩首訣別詩,詩中措詞極為悲慘,說他一家十口全賴弟弟照顧,自己的孤魂野鬼獨臥荒山聽雨泣風號。他表示願世世為手足。在詩裡他又細心表示以前皇恩浩蕩,蒙受已多,無法感激圖報,實在慚愧。又說這次別無可怨,只是自己之過。子由接到,感動萬分,竟伏案而泣,獄卒隨後把此詩攜走。直至後來子瞻被開釋時,才將此詩退回,說他弟弟不肯收。猜想子由是故意詩交還獄卒的,因為獄卒按規矩必須把犯人寫的片紙隻字呈交監獄最高當局查閱,很有可能傳到皇帝手中。果然在子由極力奔走營救,神宗又看了子瞻的遺詩,十分感動,子瞻逃過一劫,免於死罪,被貶黃州。